يعتر قسم العمليات من الأقسام الحيوية المهمة الموجودة في المستشفى .ويتميز بكادر فني مؤهل ومدرب يستطيع التعامل مع كافة الحالات الطارئة وعلى مدار الساعة .

يحتوي قسم العمليات على خمس غرف عمليات مجهزة بأحدث التقنيات وأرقى ما توصلت إليه التكنولوجيا الطبية.حيث جهزت غرف العمليات بأحدث الميكروسكوبات الجراحية مثل ميكروسكوبات جراحة العيون وجراحة المخ والأعصاب والأنف والأذن والحنجرة والتي تساعد في إجراء أدق واعقد العمليات الجراحية وكذلك أجهزة المناظير الجراحية والمسالك البولية,

كما تتميز غرف العمليات بكاميرات تصوير مباشر لغرض نقل العمليات الجراحية إلى المسرح التعليمي لعرضها حية على طلاب كلية الطب.

كذلك وجود وحدة تزويد كهربائي حتى لايتاثر القسم بانقطاع التيار الكهربائي  خاصة في الحالات الطارئة .

كما تتميز غرف العمليات بغازات طبية  مركزية وهناك لوحات تحكم  الكترونية في القسم  لمراقبة مستوى الغازات الطبية .

ويتميز قسم العمليات بارتباطه بقسم التعقيم المركزي بممرين مختلفين الأول لإخراج الأدوات المستخدمة بعد العمليات والثاني يعتبر ممراً معقماً لاستلام الأدوات المعقمة من قسم التعقيم إلى العمليات.

قسم التخدير والإنعاش :

يعتبر قسم التخدير والإنعاش  احد الدعائم الرئيسية التي تقوم عليها بنية أي مستشفى فهو يقدم خدماته لجميع الأقسام الجراحية بالإضافة إلى بعض الأقسام الغير جراحية كقسم  الأشعة والقسطرة ومناظير الجهاز الهضمي وتفتيت الحصوات وقسم الطوارئ .

كما يتميز قسم التخدير بكادر طبي وفني من حملة الشهادات العليا (الدكتوراه والبورد )والخبرة والكفاءة العالية . بالإضافة الى امتلاكه لأحدث أجهزة التخدير والمراقبة لحالة المريض أثناء العمليات  من اكبر الشركات العالمية المصنعة .

 ومن المتوقع أن يقوم القسم بنهاية عام 2006 في البدء بتخدير حالات الولادة الطبيعية عن طريق التخدير فوق السحائي وهي طريقة تنتشر حاليا في كثير من الدول المتقدمة

 غرفة الإنعاش :

كما يتميز قسم التخدير بوجود غرفة إنعاش وإفاقة مكونة من خمسة أسرة يعمل فيها كادر فني مؤهل ومتميز . مزودة بأجهزة مراقبة حديثه يتم فيها إفاقة المريض من التخدير بعد العمليات الجراحية وتقديم الرعاية الخاصة . . 

وأخيرا فان قسم التخدير يسعى جاهدا لتوفير احدث  أدوية التخدير ذات الأمان العالي للمرضى والمعروفة بقلة مضاعفاتها وأعراضها الجانبية خاصة على الأطفال وكبار السن.

 عمليات القلب المفتوح :

 وحتى يكتمل العطاء في رسالة هذا المستشفى والتي أنشئ من اجلها  فقد تم افتتاح قسم قسطرة القلب بإشراف خبراء متميزون في هذا الاختصاص وكذلك غرفة عمليات القلب المفتوح حتى يتم إجراء شتى أنواع عمليات القلب المفتوح لمختلف الأعمار وبإشراف خبراء من

 ذوي الاختصاص والكفاءة العالية ومما يميزنا في هذا لمجال أن إجراءات عمليات القلب ستكون بأجهزة ومعدات وفق احدث المواصفات العالمية والتي تفتقر إليها الكثير من الدول بما فيها الدول  المتقدمة في المنطقة.